Tolv år gamle Naruto er hovedpersonen i serien. Han er en ganske hyperaktiv og bråkete gutt som ofte kan virke veldig rampete, men egentlig er han trist og ensom og sliter med å bli akseptert i landsbyen. Til tross for sitt tullete ytre er han god på bunnen, og veldig god til å inspirere folk. Selv om han ikke er en særlig god student, er han fast bestemt på å bli hokage, overhodet i landsbyen.

Tolv år før serien starter kom en av de legendariske halede beistene, kyuubien, og angrep Konohagakure. Mange ninjaer ble drept, før den fjerde hokage ofret sitt eget liv for å forsegle kyuubien inni Naruto. På grunn av dette blir Naruto sett på som et monster av de fleste i landsbyen.